2006年，因怀疑“活力门”公司存在严重违犯证券法的行为，社长堀江贵文被捕入狱成为阶下囚。日本“活力门”公司创立于1996年，34岁的公司总裁堀江贵文实施的一系列并购活动以及反传统的经营模式，使公司在短时间内迅速成长为日本著名网络门户。2004年10月，公司曾宣布要通过换股把一家名为“金钱生活”的出版公司收归旗下。
2006年2月都灵冬奥会期间，小泽一郎就任民主党党魁、小泉首相参拜靖国神社。9月，秋荻宫妃生子，安倍内阁启动运行。10月，朝鲜核试验；日本出现高中必修课程遗漏问题。11月，教育基本法修正案在众议院被执政党强行通过。小泉与安倍的交接过程中，问题逐出，日本出版业伴随上述社会政治活动呈现出一个繁复多事之年。
日本出版科研所调查统计表明，日本全国1～10月书刊销售总额比2005年同期减少2.4%。其中，图书增加1.4%，杂志却大幅减少4.7%。依据这一数据，可以推定，日本2006年书刊销售总额负增长已成定局。
2006年5月17日，日文版哈利·波特第六卷《哈利·波特与混血王子（上·下）》初版印数200万册，这部超级畅销图书的发行，助推2006年日本图书销售总额逆势而上已成为不争的事实。2006年，长期坚守刊高书低信条的日本出版发行业呈现出杂志每况愈下之颓势。2006年日本出版界依然恪守新书主义，试图通过增加新书种数力挽经营困境。然而是年图书销售总额负增长的事实表明新书主义遭遇重创。
日书联（日本书店商业组合联合会）出台2006年《日本全国零售书店经营实态报告》，调查报告每6年进行一次。报告表明日本中小书店经营状况日趋恶化，如果不能增加中小书店经营活力，日本出版业将难以复苏。报告并未指出日本出版业不景气最主要症结，而是将出版业实态和盘托出。
2006年日本网上书店动向为人瞩目，亚马逊日本网上书店业务扩展、销售总量增幅明显，但具体数额尚不明朗。中小出版社竞相与亚马逊日本网上书店联手，今后亚马逊日本网上书店市场占有率增长趋势为人瞩目。
2006年日本多家出版社参与新书（大众通俗教养类普及开本图书）选题策划，新书种类与年俱增，每月定期出版系列分册，与杂志发行定期趋同。日本出版业人士认为，杂志竞相发行特辑，实际上也是仿效新书出版。杂志发行颓势在一定程度上受到新书出版过剩的影响。新书出版的多样化，事实上却逐渐流于陈腐化。2006年，日本新书出版过剩难以遏制，出现滞销新书堆积如山，视而不见的怪圈。
2006年，日本涌现三种百万畅销图书：《国家的品格》（藤原正彦著）、《哈利·波特与混血王子（上下）》（J·K·罗琳著）和《东京塔－母亲和我和父亲》（利黎·布朗基著）。2006年十大畅销图书中实用书与教养书显得格外畅销。2006年文艺图书仍以芥川直木文学奖获奖作为卖点。特别是第134届直木文学奖获奖作品——《嫌疑人Ｘ的献身》（东野圭吾著）连续数周问鼎畅销图书排行榜榜首。
2006年日本自费出版持续热潮，不断涌现新的优秀写手。随着自费出版名社碧天舍的破产，突现自费出版的诸多问题，引起业内人士的关注。
2006年，日本文艺家协会等团体就图书馆图书出借后，应给予著者补偿金问题递交日本文化厅《共同声明》。声明指出，目前，英、德等十国支持认可“公共出借权”给予著者经济补偿，英国财政年拨款约折合15亿日元。2006年12月，日本出版业基本确立补偿金的方针。
2006年，日本出版界继续试验图书IC芯片货签无线视频系统数据交换与读写。
2006年，公取委与出版物零售业公正交易协议会制定落实针对出版物零售业提供奖券的公正竞争规则以及共同实施规则，同时积极推进读者图书优惠积分卡的使用进程。
