新闻出版业“十一五”发展规划中指出：到“十一五”末，建设4~15个数字出版产业基地，形成10~20个网络出版强势企业。积极推动用数字技术改造传统新闻出版业的生产、管理和传播方式，建设数字出版综合业务平台，提升出版产业的整体实力和核心竞争能力。但是，网络出版在现阶段毕竟是一种新出现的出版形态，还存在着一些值得注意的问题，应当引起我们的重视。
1．出版监管
在互联网环境下，网络出版物的形式及其传播方式都发生了很大变化，网络出版活动监管难度增大了，它向传统的书刊审查制度提出了挑战。首先，网络可以使人们跳过出版社直接在网络上发表自己的言论（著作）。其次，网络出版不存在书号。一方面，出版部门的言语垄断权受到削弱，另一方面，出版部门不得不向网络出版靠拢，以解决书号不足的问题。第三，由于在网络出版中作者可以不需要编辑出版部门的审查，即可将作品公之于众，因此，对现行的责任编辑制度提出了挑战。
针对这方面的问题，国家应该尽快组建网络出版产业发展职能管理机构，协调我国网络出版产业的发展。
2．版权保护
现阶段网络出版的版权保护存在两方面的问题。
（1）版权管理方面
首先是著作权的问题，目前还没有对网络出版著作权中的财产权利进行规范，尤其是对网络出版中与著作权相关的邻接权作明确界定，因此就无法保障作者及版权所有者的合法权益。
信息网络传播权在我国已经形成法定权利，但目前的法律规定仅赋予著作权人一项新的专有权，至于权利行使和保护过程中可能产生的诸如权利的范围及其限制、权利的管理、技术措施的保护标准等，目前的法律规范还没有提及，许多细节问题考虑得还不够充分。
（2）数字版权保护技术方面
数字版权保护是作者、出版者、网络公司乃至读者所共同关心的问题。据一些网络运营商的调研，30%的网民选择愿意付钱来买书，但是真到销售时却远达不到这个数量。探究其原因，原来同样一本书在有的网站是免费的。数字版权保护技术是否成熟，能否杜绝电子书的随意下载、复制传播、内容随意拷贝等等问题会严重影响到作者、出版者对网络出版的信心。
针对以上问题，在电子书制作之前，出版者必须与作者签订相关的授权协议，保证电子书出版发行的畅通。制作完成之后，还必须防止电子图书内容的非法传播，保护作者的出版权益。
3．格式标准
网络出版不仅呼唤规范的法律环境，还需要统一的技术标准。缺乏行业标准可能会给各方面都带来混乱与不便，电子图书的格式不统一问题便是一个明证。对我国的网络出版单位而言，现在存在很多种格式，比如方正CEB格式、天津津科的wolf格式及国内不少刊物使用opz格式等。
电子图书标准的不统一，大大阻碍了它的发展。现在出版管理部门应该尽快组织相关企业和各方代表确定数字图书的标准，或者是电子图书制作商有一个输出的接口，统一一种格式。
4．人才问题
在现阶段，出版社普遍缺乏专门的网络技术人才来建立和维护网络出版平台，更缺乏一批又懂网络技术、又熟悉出版流程的复合型人才来推动网络出版的发展。网络出版对从业人员技能和整体素质提出更高的要求，这使得出版业的发展不但需要有新的出版理念，而且对于能够驾驭数字出版和跨媒介出版的人才的需求也日益强烈。为此，应采取必要措施，多渠道解决人才不足现状。鼓励从业人员学习科技知识，改善知识结构。
5．阅读习惯
传统的阅读习惯依然是网络出版市场迅速扩大的最大障碍。有专家分析认为，人类阅读书籍的角度、远近、光线的明暗程度等，是在不断演变进化中形成的，改变人们的阅读习惯并非一朝一夕的事情。
许多人认为,传统的纸质图书带给我们的不仅仅是知识，还富涵有其他的意义和价值，如收藏价值、艺术欣赏价值等。传统纸质图书赋予我们的精神世界是丰富多彩的，这也是电子书目前阶段所欠缺的。
